Preparación del entorno de desarrollo de Python

1. Instalación del entorno de desarrollo: instalar Anaconda y PyCharm CE
2. Configurar y cambiar el entorno virtual
3. Importar paquetes: pip install & import
4. Crear un directorio si no existe: os.start(…) os.mkdir(…)
5. Control de versiones: CVS
6. Entorno virtual para Python -m venv nombre_entorno
7. Test unitarios

Lectura de datos en Python

1. Lectura y escritura de ficheros: csv, facta

Estructuras de datos en Python

1. DataFrames: import pandas as pd     datos = pd.DataFrame(columns=(‘datos1’, ‘datos2’))
2. Matrices: import numpy as np datos = np.array([[1,2,3],[4,5,6]])
3. Listas: list(), [1,2,3], append(), extend(), remove(), count(), index(), set()

Conceptos propios de Bioinformatica

1. Segmentador de secuencias de nucleótidos

Entornos de desarrollo

1. PyCharm
2. Eclipse
3. Spyder (incluido en anaconda)
4. Aton

Otros

1. Funciones
2. Bucles: for, while
3. Incluir agrumentos: argparse. Ejemplo: copiar.py fichero_origen.txt fichero_destino.txt

Referencias

• docs.python.org
• pypi.org (buscador de paquetes)
• scipy.org (aglutinador de paquetes científicos)
• matplotlib.org vispy.org o d3js.org https://plot.ly bokeh.pydata.org vispy.org altair-viz.github.io (visualizar gráficas dinámicas)
• www.graphviz.org seaborn.pydata.org (visualizar grafos)
• d3js.org (gráficos en JavaScript)
• scikit-learn.org (machine learning) (Ejemplos en jupiter)