Acceso a Computerome
Acceso sin entorno gráfico
ssh dibarre@computerome.cbs.dtu.dk
Pass + Pass code (mensaje al movil)
Acceso con entorno gráfico
ssh -Y dibarre@computerome.cbs.dtu.dk
Pass + Pass code (mensaje al movil)
Comandos de computerome
Módulos
module avail: Muestra los módulos disponibles.
module avail anaconda: Muestra toda las posibles versiones de un módulo en concreto.
module load anaconda2/4.0.0: Carga el modulo.
module unload anaconda2/4.0.0: Elimina el módulo de los modulos cargado.
more .bashrc: visualiza lo que el usuario tiene precargado al acceder al terminal.
Minimamente tener precargado moab, torque y tools
module load tools module load torque module load moab module load anaconda3/4.0.0
Para modificar el fichero de precarga abrir con un editor de texto (gedit) e incluir los anteriores modelos al final del documento
module apropos NGS: buscar módulos que contengan NGS (es casesensitive)
module display anaconda2/4.0.0: Obtener información de un módulo en concreto
Procesos
top: Proporciona información de los procesos corriendo en computerome.
Trabajos interactivos
iqsub: Carga un trabajo interactivo
Ejemplo básico
1. Abrir la terminal en versión gráfica
2. Crear el script de python gedit test1.py con el siguiente código de ejemplo:
from argparse import ArgumentParser import sys import os import urllib.request as p # ArgumentParser parser = ArgumentParser() # Argument positional with description parser.add_argument('file_input', help='help insert file') parser.add_argument('file_output', help='help insert output file') # Asign the parser elements args = parser.parse_args() # If the file exists if args.file_input != None and args.file_output != None: # Read the file with the name introduced by parameter path = open(args.file_input,'r') char_input_txt = path.read() print(char_input_txt) # Write in output file f = open(args.file_output, 'w') f.write(char_input_txt) f.close() else: sys.stderr.write("Please, introduce the name of the file!\n") sys.exit(2)
3. Crear el fichero a leer gedit file.txt con el siguiente código de ejemplo:
Hola mundo
4. Abrir una terminal interactiva con el comando:
iqsub
5. Ejecutar el script de python
python test1.py file.txt file_output.txt
Trabajos en cola
xmsub
xmsub: crea un script que para solicitar trabajos a computerome
Ejemplo: Crear trabajo interactivo con 5gb de memoria, un nodo, un procesador, que se ejecuta en una hora y especificar el nombre del trabajo.
xmsub -I -l mem=5gb,nodes=1:ppn=1,walltime=3600 -N mitrabajo1
Ejemplo: Crea un trabajo que copia el entorno
-V Copia el entorno de trabajo
-l define el tipo de maquina a usar, en este caso 125gb de memoria, un nodo, 28 procesadores
-W y -A define el grupo que ejecuta el trabajo
-r en caso de error volver a correr
-N definir el nombre del trabajo
-ro definir el fichero de salida
-re definir la salida de error
-de define el script a correr más sus argumentos
-d directorio de ejecución
xmsub -V -l mem=12gb,nodes=1:ppn=28,walltime=86400 -W group_list=pr_46614 -A pr_46614 -r y -N fungi6 -ro file_output.txt -re file_error.txt -de python $HOME/CNN/1_donwload_data.py $HOME/refseq/ fungi
qsub
qsub: crea un script que para solicitar trabajos a computerome
qsub -W group_list=pr_46614 -A pr_46614 -l nodes=1:ppn=23,mem=10gb,walltime=86400 download_fungi.sh File download_fungi.sh #/bin/bash python $HOME/CNN/1_donwload_data.py $HOME/refseq/ fungi
http://wiki.bio.dtu.dk/computerome/index.php/Batch_System#Script_file_example
Estado de los trabajos
qstat: consultar el estado de los trabajos
Job ID Name User Time Use S Queue ------------------------- ---------------- --------------- -------- - ----- 13022677.risoe-r04-sn064.cm.c mitrabajo1 dibarre 00:00:00 Q batch 13022678.risoe-r04-sn064.cm.c mitrabajo1 dibarre 00:00:00 R batch 13022788.risoe-r04-sn064.cm.c mitrabajo1 dibarre 00:00:00 C batch
Q en cola
R En ejecución
C terminado
qstat -a: proporciona más información sobre el estado de los trabajos
showq: Muestra el estado de los trabajos: Running, Hold, Idle, BatchHold,…
showq -u dibarre: para ver solo los de un usuario en concreto
Copiar ficheros al servidor de Computerome
scp -r /Users/diego/Documents/test/CNN/ dibarre@computerome.cbs.dtu.dk:/home/people/dibarre/
http://wiki.bio.dtu.dk/computerome/index.php/Batch_System
Ver los PATHs de un usuario
env | grep dibarre
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